如今，水产养殖业所需的孵化鱼卵和饲养幼鱼的水已成为其生存的关键。然而，水的丰度和纯度日益下降，同时水源中的疾病问题也不断增加。这种现象的部分原因是城市地区对水的需求不断增加，导致我们的自然水域遭受污染，同时各种途径（如鸟类、动物和人类活动，包括压载水排放）将新的致病微生物引入自然水域。

随着紫外线LED技术的成熟，紫外线杀菌在水产养殖领域得到了广泛的应用，紫外线菌器的杀菌原理是利用紫外光射线照射破坏各种细菌、病毒的核结构，使之失去自身繁殖能力，从而达到杀灭病原微生物的效果。它能有效杀灭隐孢子虫和贾第鞭毛虫，而且不会对池水产生二次污染，也不会改变池水的物理化学性质，不会产生副产品和任何气味，从而改善水体环境质量。

紫外线杀菌主要是解决2个问题，第一是在太阳光或人工光源的照射下，水中藻类如蓝绿藻会大量繁殖，藻类消耗水中氧气养分，进而影响水族的正常生长。让养殖水反复循环通过一个装有紫外线灯的封闭杀菌器中，水中藻类在强UVC紫外线辐射下会解体死亡，重组为大的分子链，最终可以被过滤系统过滤。第二就是各种鱼类病，紫外线对杀灭引起鱼类病的水中细菌十分有效，比如白斑病菌，在紫外线照射下三秒中可以杀死。特别有时候，池塘要新加进去一些鱼，这些新鱼很可能带进鱼塘新的病菌，或者鱼塘要换水，新水中也有可能有病菌，这些情况都要由紫外线系统对水体杀菌。方法和前述处理藻类一样，让水反复循环流过装有紫外线灯的杀菌器中。

但是要注意，紫外线灯只对细菌病毒及其他微生物有杀灭作用，对固体颗粒和无机物的清除要靠过滤系统完成，所以完美的水产水族领域水处理要由紫外线杀菌系统和过滤系统结合在一起完成。